В далеком 2004 году клубная Академия «Виллы» приняла в свои ряды 13-летнего подростка, не обделенного задатками хорошего футболиста. Этого паренька из местечка Дайнс Грин, пригорода Вустера, звали Нэйтан Люк Бэйкер.

По прошествии трех лет прогресс юного защитника привел его в основную команду Академии. В сезоне 2007/08 Бэйкер в паре с еще одним талантливым воспитанником «вилланов» Кираном Кларком, предстали непроходимым редутом для соперников по национальному первенству. Тем самым, дружина 18-летних «львов» завоевала чемпионский титул, одолев в финальном матче сверстников из «Манчестер Сити». Более того, Бэйкер за тот год успел 7 раз появиться в составе резерва, забив два мяча.

Летом 2008-го Нэйтан поехал с основным составом в предсезонный тур по Швейцарии, дважды выйдя на поле. К тому же, Бэйкер несколько раз попадал в заявку на игры Кубка УЕФА. Все описанное развитие карьеры венчалось вызовом растущего молодого человека в сборную до 19 лет, за которую он провел 9 игр.

Год спустя, в октябре 2009 года, Нэйтана вместе с Эриком Лихаем и Крисом Хердом отправили в месячную аренду в «Линкольн Сити», которым на тот момент руководил бывший форвард «Виллы» Крис Саттон. Не дожидаясь адаптации молодого защитника прославленный менеджер «чертей» выставил Бэйкера в основе на матч против «Торки Юнайтед» - это был его официальный дебют в профессиональном футболе. Своей уверенной игрой 18-летний футболист впечатлил тренерский штаб, что вылилось в продление аренды до конца сезона. В те месяцы с Нэйтаном произошла любопытная и весьма неприятная для него самого история: дело было в преддверие финала Кубка Лиги 2010 года - «Астон Вилла» играла с МЮ - за некоторое время до начала поединка Бэйкер пытался через Facebook продать 5 билетов на указанную встречу по цене 200 фунтов каждый, за чем и был пойман. В дальнейшем оставалось только публично сожалеть, и признать свою вину.

Сезон 2010/11 ознаменовался для рослого защитника дебютом в составе «Виллы», который состоялся 25 января 2011 года на Ди Дабл Ю Стэдиум в игре с «Уиганом». Тем же месяцем Нэйтан в игре с «Блэкберном» успел отдать голевую передачу и удалиться с поля. Через месяц в очередной встрече с «Роверс» 19-летний центрбэк получил травму в столкновении с Полом Робинсоном, выбыв на полгода. 2 июня «Вилла» объявила о подписании 3-летнего контракта с Бэйкером. Отличным дополнением к этому выглядело выступление защитника на молодежном чемпионате мира в Колумбии, где он в составе сборной Англии провел все матчи. А осенью того же года игрок на несколько месяцев уехал в аренду в «Миллуолл».

За три года работы под руководством Пола Ламберта Нэйтан стал игроком основной обоймы, чаще всего затыкая бреши в обороне. Тем не менее, недостаток мастерства он как мог компенсировал самоотдачей и желанием - редко увидишь в Премьер-лиге, как футболист идет в такие стыки, в какие идет Нэйтан Бэйкер.

Летом 2015-го на фоне перестройки имени Тима Шервуда защитник отправился в аренду в «Бристоль Сити».